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sisINTAtoAQP_code.R
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sisINTAtoAQP <- function(sisinta, color_seco=FALSE){
require(aqp)
# test: sisinta <- datos
# Color
if(!color_seco){color <- as.character(sisinta$color_humedo_hvc)}
if(color_seco){color <- as.character(sisinta$color_seco_hvc)}
sisinta$HUE <- substr(x = color,start = 0, stop = regexpr(" ", color)-1)
slash <- regexpr("/", color)
sisinta$VALUE <- substr(x = color, start = slash-1, stop = slash-1)
sisinta$CHROMA <- substr(x = color,start = slash+1, stop = slash+1)
sisinta$soil_color <- munsell2rgb(sisinta$HUE, sisinta$VALUE, sisinta$CHROMA)
rm(slash)
# Horizon data
Horizon <- with(sisinta, data.frame(as.character(perfil_numero), tipo, profundidad_superior, profundidad_inferior, analitico_registro, limite_tipo, limite_forma,
estructura_tipo, estructura_clase, estructura_grado,
analitico_arcilla, analitico_limo_2_20, analitico_limo_2_50, analitico_arena_muy_fina, analitico_arena_fina, analitico_arena_media,
analitico_arena_gruesa, analitico_arena_muy_gruesa, textura, analitico_humedad,
analitico_densidad_aparente, analitico_agua_3_atm, analitico_agua_15_atm, analitico_agua_util,
analitico_ph_pasta, analitico_ph_h2o, analitico_ph_kcl, analitico_conductividad, analitico_resistencia_pasta,
analitico_materia_organica_c, analitico_materia_organica_n, analitico_materia_organica_cn,
analitico_ca_co3, co3, concreciones,
analitico_h, analitico_s, analitico_t, analitico_saturacion_t, analitico_saturacion_s_h, analitico_base_ca, analitico_base_mg, analitico_base_k, analitico_base_na,
barnices, color_humedo_hvc, color_seco_hvc, consistencia_en_seco, consistencia_en_humedo, consistencia_adhesividad,
consistencia_plasticidad, formaciones_especiales, humedad, moteados, soil_color))
names(Horizon) <- c("id", "name", "top", "bottom", "analitico_registro", "limite_tipo", "limite_forma", "estructura_tipo", "estructura_clase", "estructura_grado",
"arcilla", "limo_20", "limo_50", "arena_muy_fina", "arena_fina", "arena_media", "arena_gruesa", "arena_muy_gruesa", "textura_campo", "humedad_satur",
"PEA", "agua_3_atm", "agua_15_atm", "Wd", "pH_pasta", "pH_H2O", "pH_KCl", "CEes", "resistencia_pasta", "CO", "N", "CN", "CaCO3", "Reaccion_HCl",
"concreciones", "CIC_H", "CIC_S", "CIC_T", "PorcSat_T", "PorcSat_H", "bases_Ca", "bases_Mg", "bases_K", "bases_Na", "barnices",
"color_humedo", "color_seco", "consistencia_en_seco", "consistencia_en_humedo", "adhesividad", "plasticidad", "formaciones_especiales", "humedad", "moteados", "soil_color")
#Site Data
puntos <- substr(sisinta$perfil_ubicacion_coordenadas, 8,40)
sisinta$X <- as.numeric(substr(puntos, 0 , regexpr(" ", puntos)-1))
sisinta$Y <- as.numeric(substr(puntos, regexpr(" ", puntos)+1, regexpr(")", puntos)-1))
Sites <- with(sisinta, data.frame(as.character(perfil_numero), perfil_modal, perfil_fecha, perfil_ubicacion_coordenadas, X, Y, perfil_ubicacion_descripcion,
perfil_ubicacion_mosaico, perfil_ubicacion_aerofoto, perfil_ubicacion_recorrido,
perfil_serie_nombre, perfil_serie_simbolo, perfil_grupo_codigo, perfil_grupo_descripcion, perfil_fase_codigo, perfil_fase_nombre,
perfil_capacidad_clase, perfil_paisaje_tipo, perfil_paisaje_forma, perfil_paisaje_simbolo,
perfil_uso_de_la_tierra, perfil_vegetacion_o_cultivos, perfil_cobertura_vegetal, perfil_material_original,
perfil_relieve, perfil_posicion, perfil_pendiente,
perfil_escurrimiento, perfil_permeabilidad, perfil_anegamiento, perfil_drenaje,
perfil_profundidad_napa,
perfil_erosion_clase, perfil_erosion_subclase, perfil_pedregosidad_clase, perfil_pedregosidad_subclase,
perfil_sales, perfil_observaciones))
names(Sites) <- c("id", "modal", "fecha", "coordenadas", "X", "Y", "ubicacion_descripcion", "mosaico",
"aerofoto", "recorrido","serie", "simbolo",
"grupo", "grupo_descripcion", "fase_codigo", "fase_nombre", "capacidad_clase", "paisaje_tipo",
"paisaje_forma", "paisaje_simbolo", "uso_de_la_tierra", "vegetacion_o_cultivos", "cobertura_vegetal",
"material_originario", "relieve", "posicion", "pendiente",
"escurrimiento", "permeabilidad", "anegamiento", "drenaje",
"profundidad_napa", "erosion_grado", "erosion_tipo",
"pedregosidad_clase", "pedregosidad_grado", "sales", "observaciones")
suelos <- Horizon
suelos$id <- as.character(suelos$id)
suelos$soil_color <- as.character(suelos$soil_color)
depths(suelos) <- id ~ top + bottom
Sites <- unique(Sites)
Sites$id <- as.character(Sites$id)
site(suelos) <- Sites
coordinates(suelos) <- ~ X + Y
proj4string(suelos) <- "+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs "
return(suelos)
}
save(sisINTAtoAQP, file="~/Proyectos/Digital-Soil-Mapping/sisINTAtoAQP.RData")