Ferramentas para ciência aberta

Seminário apresentado nas Palestras Estudantis do Observatório Nacional.

Esse repositório contém um molde para produzir um artigo:

diretório notebook contém IPython notebook para fazer a análise dos dados e gerar figuras
dados contém os dados utilizados na análise
presentation contém slides de uma apresentação sobre ferramentas para ciência
manuscript.tex inclui as figuras geradas pelos notebooks
Makefile compila o .tex

A idéia é que cada artigo tenha um repositório com tudo necessário para a reprodução dos resultados. Esse repositório pode ser citado no artigo final. Produtos extras que não são incluídos no artigo (slides, poster, figuras, texto, videos, dados) podem ser colocados no figshare e citados no artigo.

Resumo do seminário

O processo científico produz muito mais do que é eventualmente publicado em revistas. Fazer pesquisa involve geração de dados, código, análise, figuras, pôster/apresentações, etc. No entanto, somente uma fração pequena disso é publicada e geralmente exclui resultados considerados "negativos". Isso leva uma grande reprodução de trabalho para descobrir o que "não funciona", já que esses resultados nunca alcaçam a comunidade científica. Além disso, a publicação geralmente ocorre através de documentos estáticos (PDF) que parecem até pré-históricos quando comparados ao que estamos acostumados no mundo interativo da internet. O movimento para maior abertura do processo científico (open-science) tem promovido o uso de tecnologias emergentes para facilitar a publicação imediata de todos os produtos de uma pesquisa. Alguns prestadores de serviços se destacam dentre as várias opções disponíveis. O GitHub é o mais popular serviço de hospedagem de código e colaboração. Para a linguagem de programação Python, o IPython notebook permite a integração de código, texto, tabelas e figuras em um único documento. A página figshare.com rapidamente se tornou o padrão para publicação de dados, figuras, apresentações, material suplementar, videos, etc. Nesta apresentação, falarei sobre como utilizar esses serviços e as vantagens e de tornar sua pesquisa mais aberta e reprodutível.