diff --git a/Dockerfile b/Dockerfile index 8693fa3..002a42c 100644 --- a/Dockerfile +++ b/Dockerfile @@ -1,4 +1,4 @@ -FROM nvidia/cuda:12.3.2-runtime-ubuntu22.04 +FROM nvidia/cuda:12.3.2-cudnn9-runtime-ubuntu22.04 ENV MAXIT_INSTALL_DIR=/home/apps/maxit/11.200 ENV INSTALLDIR=/home/apps/ ENV HELIXFOLD3DIR=${INSTALLDIR}/PaddleHelix/apps/protein_folding/helixfold3 @@ -12,8 +12,6 @@ RUN apt-get update && apt-get install -y \ sudo \ build-essential \ bison \ - zlib1g \ - cudnn9-cuda12=9.0.0 \ flex RUN wget http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openssl/libssl1.1_1.1.0g-2ubuntu4_amd64.deb @@ -53,7 +51,7 @@ RUN mkdir -p ${INSTALLDIR} && \ conda install -y -c bioconda hmmer==3.3.2 kalign2==2.04 hhsuite==3.3.0 -n helixfold && \ conda install -y -c conda-forge openbabel -n helixfold && \ - # cudnn 8.4.0のインストール + # cudnn 8.4.0のインストール CUDNN9のランタイムを使うのでここはスキップ # conda install -y -c conda-forge cudatoolkit==11.8.0 cudnn==8.4.1.50 -n helixfold && \ # conda install -y -c conda-forge cudnn==9.2.1.18 -n helixfold && \